Kursanalys för 2D1396 Bioinformatik, VT06

Här analyseras kursen 2D1396 Bioinformatik. Strukturen på rapporten bygger på Nadas kursanalysinstruktioner.

Kursdata

Kurs2D1396 Bioinformatik, 4p, period 3, vt 2006.
KursledareLars Arvestad
HandledareSamuel Andersson, Öjvind Johansson, Örjan Svensson, Ali Tofigh, Björn Wallner, samt till viss del Jens Lagergren.
Undervisningstimmar16 föreläsningar om 2 h, samt 4 datorlaborationer med 4 timmars handledning
82 studenter var inskrivna på kursen, men bara 76 gjorde första laborationen. Några inskrivna hade labbarna godkända sedan tidigare år. Den här blandningen av gamla och nya studenter är olycklig och jag ska försöka undvika den nästa år. Anledningen till förvirringen var att jag ville ha folk i res så att jag enkelt kunde redovisa hemtalsresultat.

Examinationsgraden när detta skrivs, efter två tentor och tid för labrapporter, så låg som 50 %. (Om man räknar med 76 studenter är det 55 %.) Problemet i år var att många ännu inte har redovisat den sista laborationen.

Prestationsgraden är 75 %. Den siffrar dras upp av att det är 83 % som är godkända på tentamen.

55 studenter fyllde i kursenkäten, så det statistiska materialet var starkare än tidigare år.

Mål

Kursen ska ge en allmän introduktion till ämnet och beröra många olika problemställningar som man kan råka ut för vid analys av molekulärbiologiska data. Efter kursen ska studenterna känna att de kan diskutera praktiska bioinformatiska problem och veta vilka verktyg man kan använda eller vart man kan vända sig för att lösa sitt problem. De ska vara orienterade om de olika algoritmer och metoder som används i fältet, samt vilka olika typer av data som finns tillgängliga. Även handhavande av metoder betonas och såväl möjligheter och begränsningar med olika metoder diskuteras.

Förändringar inför denna kurs

Sammanfattning

BedömningAntal%
Fenomal!0(Denna kategori fanns med för att följa tidigare års fråga.)
Mycket bra1018%
Bra2036%
Godkänd2036%
Underkänd59%

Undervisningen

Föreläsningar

Det är fortfarande många som tycker att jag kan vara rörig i mina föreläsningar, det framgår av kommentarer, trots att jag varit bättre förberedd än tidigare. Samtidigt verkar många uppskatta mitt engagemang. För att åtgärda detta ska jag prova att basera föreläsningarna på datorpresentationer; Den åtgärden borde styra upp min presentation betydligt bättre.

Sannolikhetslära

Det var svårare än jag trodde att göra en bra genomgång av sannolikhetslära. Det är Bio-programmets ambition att förlägga matematik i de kurser där det hör hemma, så det var nödvändigt att ta hand om det själv. Eftersom bara 23 % av studenterna i kursenkäten tyckte att föreläsningen var hjälpte dem (16 % sa "lite grann" och 7 % sa "ja"). kommer jag antagligen att plocka bort den till nästa år. När bioprogrammet utökas till 200 p överväger man att plocka in mer statistik och jag har redan kontaktat programansvarige Per Berglund med min åsikt att de behöver en kurs som innehåller sannolikhetslära.

Hemuppgifter

Inspirerad av pedagogikkursen som jag gått införde jag hemuppgifter till varje vecka där studenterna fick rätta varandra. Det var en blandad erfarenhet!

Hemuppgifterna var ett uppskattat inslag och 75 % säger att de har studerat mer än vanligt på grund av dem. Många som har lämnat kommentarer i kursenkäten tycker att hemuppgifterna var en bra ide'. Å andra sidan var det många som tyckte att de tog för mycket tid trots att det var min avsikt att frågorna skulle vara relativt lätta (24 % tyckte uppgifterna var svåra eller mycket svåra). Jag tror att uppgifterna ansågs vara svåra till en viss del beroende på den undermåliga kursboken (se nedan).

Det visade sig vara svårt att få till en gemensam rättning i klassen. Några av uppgifterna jag gav ut var undersökande i sin karaktär och då blev det genast svårare att rätta. Men även med relativt klara besked om vad som var rätt svar hamnade vi ofta i en förhandlingssituation som var svår att hantera. Även en del studenter tyckte inte om situationen, trots att de inte var berörda. Förhandlingarna tog också mycket tid vilket stal föreläsningstid.

Även rättvisefrågan i bedömningarna var omdiskuterad. Jag har hört att "tjejer rättar hårdare". Jag gick igenom rätt stor del av rättningarna, särskilt i början, och tycker nog inte att rättningen var särskilt hård; Det var många bonuspoäng som delades ut.

Ett problem var att det tog mycket tid att administrera hemuppgifterna, trots att studenterna rättade dom. Att varje vecka registrera ca 70–80 hemtalsresultat var mer arbete än jag räknat med.

Det var särskilt uppskattat att hemuppgifterna gav bonuspoäng på första halvan av tentan!

Om jag ska behålla hemuppgifterna till nästa år måste systemet, uppgifter och rättning samt dess administration, förenklas.

Kurslitteratur

Jag använde David Mounts bok "Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis" i år igen, trots kritiken förra året, eftersom jag inte har kunnat hitta någon bok som jag tycker passar bättre. Studenterna var hårdare i sin bedömning av boken i år, kanske på grund av att hemuppgifterna tvingade dom att läsa boken redan från början av kursen, och jag tycker att jag måste prova nåt nytt nästa kursomgång.

Det finns en bok som jag vid en första titt tycker om, men i så fall måste den kompletteras med material om evolution.

Det är många som har använt internet för att hämta information, delvis på min uppmuntran. Jag ser det som mycket positivt, men det finns kommentarer i enkäten från studenter som tycker det är fel att man ska behöva arbeta på det viset.

Datorlaborationer

Trots att jag tycker mig ha gjort labblydelserna tydligare finns det kommentarer om det i år igen. I en del fall kommer det sig av att studenterna inte har läst uppgiften en andra gång innan de frågar. Två nya uppgifter gav problem och de kommer jag att plocka bort till nästa omgång: de gav helt enkelt inte tillräckligt mycket.

Ytterligare en uppgift, att använda Blast, som är kopplad till kursen i mikrobiologi kan lyftas ut och gå in i hemuppgifterna. Den uppgiften utgick i år på grund av misslyckad sekvensering på bio-institutionen.

Trots en extra handledare i år var det fortfarande ont om tid och konkurrens om handledarhjälp. Det berodde delvis på de nya labbuppgifterna. Jag tror inte att vi behöver mer resurser om jag krymper omfånget på labbarna en smula.

Ett stort problem i år var att schemaläggningen trott att studenterna kunde välja ett av fyra labbtillfällen. Det syntes inte i schemaremissen, men framgick när alla studenter hade minst en krock med en laboration i en annan kurs. Vi löste detta med ett extra labbtillfälle, men jag tror ändå att detta stressade studenterna.

Jag har med hjälp av handledarna identifierat ett flertal andra förbättringar man kan göra till nästa år. En sådan åtgärd är att införa en frivillig "lab 0" för att låta studenterna vänja sig vid CSCs datorer.

I år ville jag prova med att låta studenterna visa upp sina resultat i den avslutande laborationen för varandra i en "poster session" vid sista kurstillfället. Denna var frivillig, men innehöll ett tävlingsinslag som jag trodde skulle sporra. Tyvärr var det endast tre grupper som bidrog med varsin (härlig!) poster. De två avgörande anledningarna till det låga deltagandet tycks vara brist på tid och att uppgiften var frivillig. Många kommenterade att det var en rolig ide', men att de hade andra saker som de måste prioritera. Jag vill gärna återkomma till den här iden, men i så fall sporra med bättre bonus. Jag drar mig för att göra den obligatorisk med tanke på hur tung den här kursen uppfattas redan idag.

Examination

Examination har gjorts med en tentamen med uppgifter på totalt 30 poäng. Jag har krävt 15 för godkänt, 20 för betyg 4, och 25 för betyg 5. I år delades tentan upp i 15 + 15 p, där de första var mer fakta- och förståelse-orienterade och den andra halvan handlade om problemlösning. Bonuspoängen kunde bara hjälpa på första halvan.

Jag är nöjd med strukturen på tentan och kommer att fortsätta använda den. Jag har till och med fått uppskattande kommentarer om extentorna från några studenter.

Har de lärt sig nåt?

För att kunna utvärdera om vi når kursens mål, oavsett resultaten i examination, innehåll kursenkäten en fråga om på vilken nivå studenten tyckte att hans/hennes kunskaper låg. Resultatet syns i följande tabell där de olika påståendena representerar växande kunskap: om du kan "utföra enkla bioinformatiska analyser" antas det att du också kan "delta diskussioner angående bioinformatik".
PåståendeAntal%
Jag kan ingenting om bioinformatik. 47 %
Jag kan följa diskussioner angående bioinformatik. 1425 %
Jag kan delta i diskussioner angående bioinformatik.1222 %
Jag kan utföra enkla bioinformatiska analyser1629 %
Jag kan använda bioinformatik i andra kurser och i industrin815 %
I termer av det uttalade målet i kurshandboken kan man säga att minst 2/3 av studenterna anser sig ha nåt det. Mitt eget mål, som inte är formulerat någonstans, är att man ska kunna utföra enkla analyser och faktiskt använda bioinformatik i industri eller akademiska sammanhang. Tyvärr är det bara 44 % som tycker sig nå till den nivån. För mig är det lite överraskande, eftersom jag tycker att studenterna gör bra ifrån sig på laborationer. Möjligen ser de inte själva vad de kan.

Kursens belastning

Det är många som angett arbetsbelastningen som hög, se tabell nedan, med hela 36 % som säger sig ha lagt ner mer än hälften av sin studietid på Bioinformatik. Tyvärr har den här frågan inte funnits med tidigare år så jag kan inte avgöra om det är hemuppgifterna som är källan till det här. Det jag uppfattat även tidigare år är att kursen uppfattas som tung, men det begreppet tolkar jag som att inbegripa även svårighetsgraden, och som tabellen nedanför visar ligger den på en rimligt nivå.

Jag tror det finns flera faktorer som påverkar hur studenterna uppfattar den här kursen. Dels är det en viktig labbkurs som (hittills, kanske inte nästa år) går parallellt med Bioinformatiken och den tar även den mycket tid. Dels är det här ett relativt annorlunda ämne i utbildningen och jag uppfattar det som att studenterna har en hel del respekt för kursen.

TidAntal%
Mindre än 15% 00
15-30% 16 29
30-50% 1833
50-70% 17 31
Mer än 70% 3 5
SvårighetsgradAntal%
Mycket lätt 0 0
Lätt 3 5
Medel 21 38
Ganska svår 28 51
Mycket svår 2 4

Planerade förändringar

Vidareutveckling av labbar

Jag har fått medel från KTH Learning Lab att genomföra en förändring av kurser som går ut på att studenten får "sitt eget" data vid kursstarten och som denne sedan ska arbeta med kursen igenom. Jag har fortfarande inte rett ut hur detta ska göras, men tänker mig att detta skulle användas i hemuppgifterna.

Jag kommer att fortsätta lägga in nya mini-projekt i lab 4. Det finns flera syften med detta

  1. Studenterna verkar uppskatta verklighetsanknytningen och aktualiteten i projekten.
  2. Unika uppgifter har ofta lagts fram som ett sätt att omöjliggöra plagiering.
  3. Jag hittar ibland forskningsartiklar som kan bidra med lämpliga uppgifter. Även mitt egna arbete bidrar: Jag har nyss hjälpt en grupp på Bioteknik i ett projekt och detta har gett frö till ett par ideer.

Ny bok

Som framgått av kursenkäten är den kursbok vi använt i två kursomgångar inte bra. Jag kommer därför ersätta den med en annan bok och komplettera med material som saknas.

Pedagogik

Hemuppgifterna bör finnas kvar, fast i annan form. Jag vill börja använda datorpresentationer för att försöka göra föreläsningarna bättre. Föreläsningen i sannolikhetslära tas bort.

Framtida möjligheter

Det är många studenter som skulle vilja se mer labbtid. Det är dels för att få bättre handledarstöd på de labbar vi har idag, dels för att de ser det som ett bra lärotillfälle. Några har kommenterat att de gärna skulle se kursen modellerad efter Nummer-kursen, där man går igenom ett begrepp på föreläsning och följer upp med en labb där man får prova på att använda den i praktiken.
Lars Arvestad
Last modified: Wed Jun 21 10:56:16 CEST 2006