Kursanalys för 2D1396 Bioinformatik, HT06

Innehåll

Kursdata
Sammanfattning
Undervisningen
Examination
Inför nästa år

Kursdata

Kurs	2D1396 Bioinformatik, 4p, period 2, ht 2006.
Kursledare	Lars Arvestad
Handledare	Inga
Undervisningstimmar	15 föreläsningar om 2 h, samt 8 datorlaborationer med 4 timmars handledning i halvklass.

Prestationer

25 studenter registrerade sig på kursen och alla kan betrakas som aktiva studenter.

Examinationsgraden var 86 % och prestationsgraden var 75 %.

Kursmål

Kursen ska ge en allmän introduktion till ämnet och beröra många olika problemställningar som man kan råka ut för vid analys av molekulärbiologiska data. Efter kursen ska studenterna känna att de kan diskutera praktiska bioinformatiska problem och veta vilka verktyg man kan använda eller vart man kan vända sig för att lösa sitt problem. De ska vara orienterade om de olika algoritmer och metoder som används i fältet, samt vilka olika typer av data som finns tillgängliga. Även handhavande av metoder betonas och såväl möjligheter och begränsningar med olika metoder diskuteras.

Det speciella med den här kursomgången är att kursen ges på engelska. De flesta studenterna går på magisterprogrammet i molekylär bioteknik.

Förändringar inför denna kursomgång

Lab-häftet blev omskrivet. Det är nu på engelska för att underlätta för internationella studenter, samt bättre strukturerad. Uppgifterna är nu tydligare och beskrivningar av datorprogram ligger nästan helt i appendix.
Många småförändringar gjordes för lab 1 till 3. Alla tre är nu lättare att slutföra på fyra timmar.
Som förra året användes hemuppgifter, men jag rättade dem själv.

Sammanfattning

Det var en ny erfarenhet att ge en kurs helt på engelska och för mestadels internationella studenter. Även om utfallet blev bra är jag inte nöjd med denna kursomgång.

Undervisningen

Föreläsningar

Det var svårare än jag trodde att byta språk. Som tidigare år använde jag bara tavlan, inga datorpresentationer, men det är något som jag vill överge inför nästa år. Jag tror det är extra viktigt att för internationella studenter att ha tydlig tråd. Min egen engelska är relativt god och jag är i allmänhet mycket bekväm med att diskutera på engelska, men problemet var att det gäller inte alla studenter. Jag upplevede det som att den mesta interaktionen i klassen var med de svenska studenterna. Mina fördomar utgick ifrån att internationella studenter skulle vara mer pratglada, särskilt i en så här liten klass, men det var inte fallet.

Kurslitteratur

Jag använde för första gången boken editerad av Baxevanis och Oulette. Det är svårt att säga hur det hjälpte studenterna eftersom bara 3-4 stycken köpte kursboken!

Bristen på kursbok tror jag verkligen försvårade både för mig och flera studenter. Det var mot min rekommendation.

Hemuppgifter

Jag hade fyra omgångar med hemuppgifter. Det var vad jag hann med att förbereda, och jag tror inte att dessa studenter hade velat ha mer uppgifter. Eftersom det var en liten klass, och jag hade intrycket av att de hade tillräckligt med nyheter här i Sverige, valde jag att rätta själv istället för att låta studenterna rätta varandra.

Datorlaborationer

Det var väsentligen samma labbkurs som tidigare år, men labbhäftet var omarbetat och översatt. Tyvärr hann jag inte med särskilt mycket granskning, så studenterna fick lida av alldeles för mycket av rena skrivfel i labbhäftet.

Då jag räknade med ca 20 studenter på kursen valde jag att försöka handleda dem själv. Det var inte ett bra beslut och nu blev det dessutom lite fler som var närvarande. Vid minsta tekniska problem, och det var flera små problem utanför min kontroll, blev den konstruktiva handledningen lidande. Det var också första gången som jag fick introducera datormiljön och det tog extra tid. Nästa kursomgång behöver jag hjälp av en extra handledare.

Ett återkommande problem i kursen är att vissa program använder relativt mycket minne (egentligen helt i onödan, men det är inget jag kan åtgärda) och tidvis kan det få servrarna för Brun sal att bli överbelastade. Jag skulle verkligen vilja se bättre datorresurser för den här kursen. I samband med detta vill jag påpeka att standardmiljön för nytillkomna användare på CSC är bedrövlig och svårjobbad.

Examination

Som tidigare sker examinationen huvudsakligen via en tenta. Dess format är väl etablerat, men jag tycker ändå att själva innehållet är relativt väl varierat.

Jag tror att den här tentan blev relativt lätt, vilket hjälpte genomströmningen.

Inför nästa år

Jag behöver en handledare som kan assistera vid laborationerna.
Föreläsningarna bör ges med hjälp av datorpresentation. Mitt framförande blir då mer strukturerat och ger ett extra stöd för studenterna. Kanske även ett extra instuderingsmaterial vilket behövs om det fortsätter att låta bli att skaffa litteratur. De flesta föreläsningarna är nu förberedda i form av en presentation på svenska och det blir relativt enkelt att översätta dem.

Lars Arvestad

Last modified: Mon Jun 4 19:02:49 CEST 2007