Kurs | 2D1396 Bioinformatik, 4p, period 3, vt 2007. |
---|---|
Kursledare | Lars Arvestad |
Handledare | Öjvind Johansson, Örjan Åkerborg, Ali Tofigh. |
Undervisningstimmar | 16 föreläsningar om 2 h, samt 8 datorlaborationer med 4 timmars handledning i halvklass. |
60 av årets studenter har gick upp på första tentan och endast sex blev underkända, varav två har möjlighet att komplettera. Detta är det bästa tentamensresultat som jag har haft och jag tyckte ändå inte att det var en lätt tenta.
Med 45 studenter klara med både lab och tenta är examinationsgraden, innan första omtentan, 68 %. Prestationsgraden är 80 %.
Efter omtentan är examinationsgraden 77 % och prestationsgraden är 85 %.
Jag tror att framgången delvis kan spåras till två förändringar:
Jag upptäckte i och för sig att inte alla föreläsningssalar har en projektor, men det problemet hanterades ganska lätt.
Det var en större investering än jag räknat med att sätta ihop presentationerna. Jag räknade med att det skulle underlätta att själva föreläsningsinnehållet var väl etablerat för mig sedan tidigare kursomgångar, men så var inte fallet.
Jag var nästa alltid ute i sista stund med att avsluta presentationerna, så studenterna hade inte tillgång till bilderna i förväg. Det förändras naturligtvis tills nästa år, på gott och ont!
Jag kommer fortsätta att granska litteraturen förstås, men det är (för mig) inte så angeläget om att jaga upp en ny bok till nästa kursomgång.
13. Vad tycker du om svårighetsgraden på hemtalen?
14. Vad tyckte du om att vara med och rätta hemtalen?
En godkänd hemuppgift ger en bonuspoäng till tentan. Det är ett mycket litet antal svar som blir underkända, utan det är vanligare med att studenter inte lämnar in svar alls. Uppgifterna aktiverar studenterna: Vissa frågor behöver kursboken eller annan läsning, andra uppgifter kräver att man utnyttjar fritt tillgängliga webbtjänster.
Vissa svårigheter försvann också tack vare att labbhäftet var omarbetat. Jag har separerat uppgifter och verktygsdokumentation mycket tydligare nu (dokumentationen i ett appendix), så det är lättare att se vad man ska göra.
Ett genomgående problem är att vissa program använder relativt mycket minne (egentligen helt i onödan, men det är inget jag kan åtgärda) och tidvis kan det få servrarna för tex Gul sal att bli överbelastade. Jag skulle verkligen vilja se bättre datorresurser för den här kursen. I samband med detta vill jag påpeka att standardmiljön för nytillkomna användare på CSC är bedrövlig och svårjobbad.
Jag har infört ett krav på att del 1 (omfattar halva tentan, ska examinera grundkunskaper) behöver 10 p (av 15p) för att del 2 ska rättas. Man fick räkna in sina bonuspoäng (upp till 4 p) här. Jag vill minnas att två tentander föll ifrån på första tentan, och sex av elva på omtentant, på detta kriterium. Detta är en ren tidsbesparing tror jag: I regel har man ändå inte blivit godkänd på tentan med färre poäng på den delen. En effekt är också att man tydliggör att baskunskaperna är viktiga.
Majoriteten tycker dessutom att de nu kan utföra enkla bioinformatiska analyser och det ligger också i linje med vad jag vill uppnå. Jag skulle gärna se att fler svarade att de kände att de kan använda bioinformatik i andra kurser och industrin och det är i mitt tycke lite missvisande att endast 2 av 28 säger att deras kunskaper ligger på den nivån. Det är fler än så som jab tycker ligger på den nivån.
"Labbarna och hemuppgifterna gjorde att man för en gångs skull kände sig i fas. Tentan som närmar sig känns inte så skrämmande."Det är värt att påpeka att den huvudsakligen konkurrerande kursen är ett stort labbmoment i bioteknik. Varje vecka under en månad är en fjärdedel av Bio-studenterna i labbet på heltid."Det är den roligaste kursen jag läser så den är roligare att plugga på än de andra kurserna."
Det går att detaljera tentan mer så att man kan läsa ut därifrån vilka kunskaper, och därmed betygsnivå, som gäller. Men det gör att det blir svårare och omständligare att sätta ihop tentor.
Jag har funderingar på att göra lab 4 ("miniprojektet") frivilligt och betygshöjande. Det är strikt taget en oberoende tillämpning av det man lärt sig på tidigare laborationer. Det är alltid några som plöjer sig igenom den utan entusiasm och antagligen utan att lära sig något extra. För dem kan den labben vara onödig. Samtidigt är det många som tycker det är en rolig utmaning och som uppskattar frågeställningarna. Här ser jag ofta att de tar till sig nya kunskaper och bättre förståelse. Det vore då logiskt med bättre betyg för en väl genomförd laboration.
Det som talar emot att införa en sådan lab är naturligtvis att det skulle kunna höja arbetsbelastningen onödigt mycket. Men om man kan koppla det till en betygsnivå så kanske det fungerar bra? Jag kan också överväga att plocka bort annat material ifrån labkursen, men det tar emot eftersom jag tycker att årets utformning fungerade bra.
Ev. kommentar:
Dina föreläsningar har varit underhålande att lysna på. (Även om vi kanske inte har varit så aktiva under dem) Din vilja att läraut och ditt intresse för ämnet smittar av sig på oss. Ditt härliga humör hjälper oss som inte är dataloger att uppskata även algoritmer.
---
Jättebra att ha en engagerad föreläsare istället för många olika av varierad kvalité som vi brukar ha. De vet aldrig vad vi läst tidigare i kursen och de snackar alltid minst en halvtimme om nåt jättekomplicerat de själva gör bara för att de är deras enda tillfälle att göra reklam för sitt område. Det är inte till särskilt stor hjälp för oss. Jag är inte så förtjust i data "grejer", men den här kursen var mycket bättre än jag hade väntat mig!
---
Hemtalen var ibland förvirrande och frågorna lite luddigt ställda. Hoppas tentans frågor är mer exakt uttryckta så att man inte gör fel tolkning av uppgiften.
---
Den här kursen har fått bitarna att börja falla på plats. DNA och proteiner känns inte lika abstrakt längre. Bra föreläsningar och otroligt givande labbar!!
---
Superkul! Känns som en väldigt relevant och användbar kurs!
---
nu vet jag vad bioinfo är för ngt
---
en av de bästa och mest användbara kurser jag har läst!
---
Besvärligt ämne- verkar som att det nästan är lite för ungt för att det ska vara riktigt överskådligt.
---
Väl genomtänkt kurs, dock med några plus och några minus. Strax över medel för att vara en KTH-kurs. Men lite under medel i jämförelse till bioteknikkurserna
---
Jätteintressant att läsa kursen i år, man lär sig massor.
Ev. kommentar:
Kanske inte kommer att inrikta mig på det här direkt, men ändå väldigt nyttigt att ha lite grundläggande kunskap.
---
absolut!
Ev. kommentar:
som Iare har jag inte så mkt kunskap inom datalogi, eller matte för den delen. Tycker absolut att Sanstat 5B1501 borde ingå i vår kursplan.
---
Många program att hålla reda på.
---
Det som är roligt brukar kännas lätt.
---
Det som var knepigt var att förstå de dolda markovmodellerna... varför de används
---
lätt att bara *söka* på saker utan att kanske veta exakt hur allthing går till.
---
Svår fråga innan jag skrivit tentan
---
Fast tentan var svår
---
En del saker i början var väldigt lätta, men på slutet blev det lite för rörigt och man visste inte riktigt vad man skulle kunna och inte.
---
Kursen i sig var lagom, men skulle behövas ett extra labtillfälle för uppgift 4 där man kan fråga, som ev ligger en/ett par veckor senare.
Ev. kommentar:
jag hade inte helkoll på bioinformatik, så då är det lite svårt att ha koll på målen. I början trodde jag även att kursen inte skulle innehålla allt det teorisktdatalogiska bakom, men blev glatt överraskad när jag insåg hur pass mycket sånt det vart.
---
Greppade tyvärr nog inte riktigt vad målen var. Men man fick ett hum om vad de var
Ev. kommentar:
Har bara haft 2 kurser under denna period som har tagit lika stora delar av studie tiden.
---
Labbarna och hemuppgifterna gjorde att man för en gångs skull kände sig i fas. Tentan som närmar sig känns inte så skrämmande.
---
Det är den roligaste kursen jag läser så den är roligare att plugga på än de andra kurserna.
---
Datapresentationer gör att du hinner gå igenom mer varje föreläsning eftersom andelen dö-tid minskar. Jag tror att det kan göra att sakerna kan presenteras på flera sätt, dvs hinna ge mer konkreta exemepel och därmed ge ökad förståelse. om man pratar med tidigare kursomgångar (vilket inte alltid är bra) känns det som kursen är mer lättöverskådlig och klarare...
---
Har läst 3 kurser parallellt, så att jag har lagt ner ca. 40% på denna kurs, och 60% på de andra tillsammans. Hemtalen tog sina timmar, och sedan labbarna.
Ev. kommentar:
Började läsa boken i början men fann den aningen för fixerad på databaser och websidor, snarare än teorierna om hur saker fungerar som framgick från dina föreläsningar.
---
Svårt att hitta i boken det som motsvarar det som gås igenom på föreläsnigarna.
---
Inte så värst bra... Alldeles för plottrig. Ingen översikt.
---
Svårt att veta vart man ska läsa tycker jag.
---
kommer att börja läsa den inför tentan. har dock försökt att kolla upp några begrepp under kursen men tycker inte att jag har funnit det jag sökt efter.
---
En del saker som jag inte riktigt förstått har jag kollat upp.
---
Har inte tvingat mig till att öppna den eftersom man fått ganska mycket info från labbarna o föreläsningarna.
---
men bara kollat upp något enstaka. använt den mycket har jag inte precis gjort.
---
Och knappt det ens. Den var ett sömnpiller
---
Bläddrade igenom den förra boken. Ingen höjdare tyvärr.
---
Använde den till en hemuppgift och för att slå upp lite saker till tentan, men känns som ganska mycket slöseri med pengar, wikipedia eller likn hade fungerat lika bra...
Ev. kommentar:
kommar att använda.
---
Inte så mkt än..men tentan närmar sig så jag kommer läsa åtminstone extraläsningen och gamla tentor.
---
Jag har använt allt från hemsidan. Ex-tentorna var okej.
Ev. kommentar:
Hemtalen har fått mig att genomföra uppgifterna med moroten om bonuspoäng. Vilket leder till att jag nog har sökt mer kunskap än vad jag hade gjort utan hemtalen. Alltså ett bra inslag i kursen!!
---
Bra med hemtal, man kommer igång med pluggande i god tid. Dessutom lär man sig lättare och kommer ihåg bättre inför tentan.
---
Mycket bra med hemtal!!
---
Roliga och lagom stora hemtal. Bra för att de hjälpte mig att hänga med under kursens gång och inte bara till tentan.
---
men det är bra att man får använda metoder som man kanske inte annars skulle ha använts. Man "tvingas" eller drivs av viljan att skaffa extrapoäng att göra dem. Man kanske inte lär sig så mycket av dem dock.
---
bra med hemtal, det får en att hålla igång under hela kursen.
---
Dessa var jättebra att de fanns
Ev. kommentar:
Det är en helt ny uppgift att få ansvaret att rätta ngn annas hemtal, men som helhet så var det mest positivt!
---
Helt ok, så länge föreläsaren tittar igenom de som ej blir godkända ifall rättaren rättat fel trots genomgången.
---
bra moment i kursen.
---
kändes lite oseriöst efterom det gällde poäng till tentan att alla ska sitta och rätta tillsammans(lätt till fuskt)...men jag förstår att det sparar mycket tid.
---
bra med genomgångar, men jag är inte intresserad av hur andra har gjort, det förvirrade en del när folk hade gjort fel och la mer fokus på poängsättning än vad som var rätt och hur man skulle ha gjort
---
Det var svårt att rätta vissa frågor där svaren ibland kunde vara luddiga
---
Det var ett bra sätt för att se att man hade gjort rätt. Inte bara få ett Rätt eller Fel.
---
Generellt var hemtalen bra, men ibland var det problem med att det fanns flera lösningar etc, vore kanske bättre med "ett o endast ett rätt svar" :)
Det skulle vara trevligt om man kunde få möjlighet att klara tentan innan tentatillfället genom inlämningsuppgifter eller små prov. ;)
---
Hemtalen har fått mig att genomföra uppgifterna med moroten om bonuspoäng. Vilket leder till att jag nog har sökt mer kunskap än vad jag hade gjort utan hemtalen. Alltså ett bra inslag i kursen!!
---
Nej, det här fungerade bra tycker jag.
---
Nej, det här är nog det bästa sättet. Alternativet skulle vara någon slags kontrollskrivning, men det passar nog inte riktig i denna kurs då så mycket bygger på att man använder sig av en dator. Bättre att vi fick träna lite på att söka där.
---
nej. bonussystemet funger bra och krävde lagom mycket tid.
---
Svårare hemtal som är mer omfattande och som du får rätta. Om man klarat dessa slipper man första delen på tentan. Varje hemtal motsvarar en uppgift i första delen på tentan. Man får göra de uppgifter som man inte klarat genom hemtalen. Man måste klara alla eller kanske fyra st för att bli godkänd på första delen.
---
det kändes som ganska lätt sätt att få extrapoäng till tentan, men det känns ok att det bara är till teoridelen. Om det skall ändras så måste även hemtalen ändras (till det svårare)
---
bonus e alltid bra.
---
tentabonus är bra. :)
---
De hade nog kunnat ge lite mer bonus, med tanke på hur mycket de krävde i tid. Datalabb fyra skulle också kunnat vara till bonus för tentan
---
Jag tror det fugerar bra. Återstår att se efter tentan.
---
Detta var ett bra system.
---
Nope, jättebra med bonuspoäng som det är nu. Lagom med poäng också - man blir motiverad att göra dem och börja plugga, men det är inte så jättestor påverkan.
Lättförtjänta poäng till tentan :)
---
Tycker inte de höll så hög kvalité.
Som sagt, luddiga frågor som ibland kunde misstolkas.
Hoppas det ska finnas lösningsförslag på hemsidan för dem innan tentan.
---
Vissa var luddigt formulerade, villket tar onödigt lång tid. Då ser jag heller fler lätta frågor som vardera tar mindre tid.
---
Hemtalen lämnades ut lite sent ibland så det var svårt som student att ha framförhållning och planera sin tid. Ett stort plus om alla hemtal hade lagts uppfrån början.
---
sista var lite väl luddig. Jag valde att inte lämna in eftersom jag inte fick fram några vettiga svar, vilket tydligen var meningen med uppgiften. Bättre med lite mer svart-vita uppgifter, även om verkligheten såklart inte är svartvit
---
En del tal var tvetydiga. Tänk på att vi kommer med väldigt lite förkunskaper.
Du får behandla miniprojektet i labb 4 separat nedan!
Labbarna har varit till stor hjälp att förstå kursens innehåll, och har givit tydliga exempel på vad man kan använda bioinf till. Vilket ger en ökad insperation att läsa och försöka förstå föreläsningarna.
---
Ibland lite svårt att förstå uppgiften.
---
tydligare instruktioner från början. t ex att det är viktigt att läsa på hur man sparar filer och kommer till rätt katalog i terminalfönstret. en annan sak som kan påpekas är att det är viktigt att ni understryker vikten av att spara sina dokument smart och strukturerat så man lätt kan komma åt de.
---
Mycket lärorika och roliga. Bra assistenter.
---
Ibland svårt att förstå i labhandledningen vad som skulle göras, men det kanske var bra för att man ska tänka själv. Beskrivningen av vissa program i slutet av labhäftet var lite knappa.
---
Bra hands on övningar.
---
Har inte utfört labbarna
---
Labbanrna var väldigt bra. Tiden som var schemalaggd rääckte till och därför kände man inte att de blev jobbiga.
---
Man gick igenom på ett ganska enkelt sätt de olika metoderna. Nöjd med labbarna
Jämfört med hemtalen så var det stor skillnad i tidsåtgång. Jag tyckte personligen att anting borde uppgiften vara mindre eller att man får mer bonuspoäng för miniprojektet. Man bör ha i åtanke att själva rapporten ändå tar en tid att skriva
---
Jag vet inte om det är ett handhavande fel men det verkade som överlag att uppgiften med smakreceptorerna ställde till lite problem om man inte satte väldigt stikta begränsningar på vald datamängd. Eller om det är så att databaserna kanske är lite skräpiga (kan vara en av slutsatserna som skulle dras.)
---
Hade smakreceptorerna som mini-projekt. Det skulle inte vara så svårt och det verkade inte så svårt till en början... Något blev fel (antingen gjorde vi fel eller så var sekvenserna i databaserna "konstiga") och allt blev plötsligt väldigt svårt och tidskrävande :(
Bra att i mini-projektet kunna repeterad det som man gjort på de tidigare labbarna.
---
Även här lite svårt att riktigt förstå frågan.
---
Projektet var otroligt nyttigt! Att gå igenom metoder på nytt gjorde att man fick en chans att förstå det på ett djupare sätt. Det blev tydligare helt enkelt.
---
Roligt projekt. Tar alltid tid då man måste skriva saker och lämna in. Hade underlättat om man fått redovisa som de andra labbarna. Kursen tar ändå upp mycket tid med labbar och hemtal.
---
den var lätt eftersom man fick lära sig mycket från 1-3
---
Inte gjort projektet
---
Ibland var det svårt att veta vad man skulle göra/ vad man skulle fortsätta med. Men i det stora var det bra och intresant.
---
Detta var ett bra sätt att sammansluta alla metoder och det man lärt sig. Ris-talet var bra
---
Jobbigt att bara köra fast hela tiden. Om man tar 1lab/labtillfälle blir det bara ett tillfälle för att göra uppgift4, och eftersom den är så tätt inpå hinner man inte förbereda den.
Inte helt tydligt vad projektet ska innehålla.
Ja, ventilation! ;D
---
Nej
---
Solaris suger verkligen jämfört med en fräsh Linux verre.
Grep verktyget tex har ju inte posix stil.
Installera lite nytt unix så kanske folk börjar uppskatta det för vad det verkligen är :)
---
nej, inte på rak arm.
---
Nej
---
Det kändes som om det det gick väldigt lätt. Det kan ha berott på att vi gjorde våra labbar ganska tidigt under kursen och att det hela tiden fanns hjälp tillgängligt (mkt uppskattat att man slapp sitta och vänta på hjälp i 30 min). Samtidigt är datalaborationer där man får tänka ut mer själv kanske inte uppskattat av alla studenter, även om det faktiskt ger ganska mycket... =)
---
Med tanke på hur mycket av materialet i ämnet bioinformatik som är datorberoende skulle man mycket väl kunna ha mer datalabb.
---
Ej utfört laborationerna
---
Fler labbar eller datorövningar hade inte varit fel då man lärde sig hur man använd programmen man pratade om på föreläsningarna. Vilket gjorda att man förstod föreläsningarna bättre.
den här omgången har förbättrats från i fjol då jag gick den för första gången. tycker att vi som studenter behöver mer kunskap inom sanstat för att förstå och hänga med på föreläsningarna.
---
Kanske skulle kunna kopplas lite mer till någon utav våra andra kurser.
---
Under föreläsningarna kan föreläsaren ställa mer frågor till eleverna. Det gör att man själv får tänka efter och inte bara matas med information, vilket i längden inte funkar. Föreläsningarna som helhet var annars bra.
---
Alla föreläsningar med powerpoint. Det blir ett högre tempo och du hinner med mycket mer. Man lyssnar bättre md högre tempo. Jag valde att inte skriva ut föreläsningarna och antecknade så mycket som jag hann. Det funkade bra. Detta gjorde att jag lärde mig mer under kursens gång. Man blir lite lat om man har föreläsningsanteckningar. Tror att många skulle klara sig bättre om det inte fanns möjlighet att skriva ut föreläsningarna...
---
Vore bra med handledartider för labbprojekt 4. Fastnar man sitter man väldigt fast. Vi satt en halv dag med ett idiotiskt muscle-fel där den inte klarade att läsa en .fa fil pga. en (osynlig) tabbning. Störigt
---
Om möjligt en laboration extra för uppgift 4, alt senarelägga en laboration, eller extra tillfälle för att fråga om hjälp.
Bra engagemang från din sida!
---
Underbara föreläsningar!!
Bra jobbat Lasse!
---
Bra jobbat Lasse!
---
En högkvalitativ tenta önskas!
Tack annars för en intressant kurs och att du är så engagerad i dina föreläsningar. Det hjälper!
---
Jättekul kurs. Tråkigt att den är slut. Större datalabbar vore ok om tiden i datasalen utökades. Tentan skulle kanske motsvara färre högskolepoäng och datalabbarna fler högskolepoäng i så fall.
Tack!
---
Kanske skulle ha nämnt om det finns en fortsättningskurs...
---
Bra och pedagogisk. Var gärna ännu mer sarkastisk mot elever som ställer frågor utan att tänka efter!
Du kan ju påpeka i början av kursen att irrelevanta frågor och diskussioner kan tas på t.ex. raster.
Ha gärna med lite mer exempel.
---
viss information var svår att hitta, tex den om biologisk klocka. Tyvärr så missade jag den informationen och vad en biologisk klocka är har jag varken hittat i boken eller på internet. En kort sammanfattning av de föreläsningar där presentation saknades hade vatir kanon.
---
Gillade ditt exempel med dialekter i HMM. Annars tycker jag att du borde lämna datorn och använda OH-bilderna. Om du nu vill använda dator, så se till att ha din presentation ute minst 24h innan på nätet. Det är jätteirriterande att inte hinna skriva klart när man inte har presentationen på papper. Har man pressen så kan man alltid anteckna det du säger utöver slidsen, och det är oftast det som är viktigast att komma ihåg.