Kursanalys: Tillämpad Bioinformatik, appbio09

Kursdata

Kurs	DD2397 Tillämpad bioinformatik, 7,5 hp, period 2, ht 2009.
Kursledare	Lars Arvestad
Handledare	Hossein Farahani och Joel Sjöstrand
Undervisningstimmar	10 föreläsningar om 2 h, samt 10 datorlaborationer med 2 timmars handledning.

Prestationer

42 studenter skrev in sig på kursen. Av dessa har 37 gjort de två första laborationerna, så betraktar 37 som aktiva på kursen. Hela 34 personer har avslutat labbkursen, vilket är ett stort steg framåt!

Däremot är det bara 10 stycken som har avslutat sitt projekt. Jag vet dock att det är flera stycken som avser lämna in ett projekt efter sommaren.

Prestationsgraden är då ca 66% och examinationsgraden så låg som 27%.

Sammanfattning

Kursens genomströmning är fortfarande besvärande dålig. Inga större förändringar genomfördes dock inför denna kurs, men formuleringar på laborationer förbättrades.

En bättre kurslitteratur användes: Jag lät bli att rekommendera en undermålig bioinformatikbaserad Pythonintroduktion och uppmanade studenterna att använda vilken Pythonbok som helst. Studenter kom också med förslag på gratisresurser på nätet.

Det var en större andel som hade programmerat tidigare och det har märkts på prestationsgraden, men jag uppfattade det som att även de som inte har programerat (så mycket) tidigare gjorde bättre ifrån sig än tidigare. Det kan ha att göra med att jag "skrämdes" mera denna omgång. Det jag gjorde var helt enkelt att införa deadlines. Inget hände visserligen om man missade denna deadline, men jag var noggrann med att påpeka att "nu! ligger ni efter!".

Pga hög stressnivå blev det inte heller i år av med en kursenkät. Eftersom jag i höst har ansvar för två kurser, istället för tre, så kan jag garantera ändring på detta inför nästa läsår.

Utfall

Utan att göra stora förändringar har jag orienterat om kursen till att handla om Bioinformatikprojekt. Det har egentligen hela tiden varit min avsikt, men själva programmeringsdelen har kommit i vägen. Jag har visserligen försökt få den delen att synas i labbarna, men det har inte varit tillräckligt. Nu gör jag det tydligt och klart och låter programmeringen vara nåt man gör på vägen. Det är egentligen bara en fråga om hur jag vinklar materialet, men jag tror det påverkar hur studenterna uppfattar kursen.

Jag har indikationer på att plagiering har blivit ett problem. Hittills har jag hanterat det genom att vi förhär studenterna på det de skrivit, men det finns skäl att tro att det inte räcker. Jag måste hitta sätt att lösa det. Man kan mycket väl tänka sig att vi slutar ta labbredovisningar efter kursen slut.

Betyg?

Det är ett problem för mig (och vissa studenter) att kursen inte har betyg. Dels därför att jag vill ge duktiga studenter en morot till att lägga ner extra jobb, och dels för att det är rimligt att det syns på betyget att någon bara har surfat igenom kursen i knapp styrfart. Jag har också förstått att det är viktigt för en del internationella studenter att det är betyg på kurser och har till exempel haft en student som hoppade av tidigt då det inte gick att få ett bra betyg på kursen.

Inför appbio10

1. Jag vill formulera om de första labbuppgifterna så att de betonar bioinformatik mer än de är knepiga programmeringsuppgifter. Om man ska vara specifik så vill jag till exempel byta från att läsa in Fasta-filer till att använda ett mer trivialt format.
2. Jag vill att studenterna ska koppla ihop sina program med andra program tidigare än i projektet. De ska själva köra Blast, Muscle, mm och se hur viktigt det är att deras program kan läsa andra programs utdata, samt producera utdata som är användbara i andra program.
3. Vi måste undersöka sätt att undvika plagiering. Fler individuella varianter på uppgifterna kanske.
4. Jag vill också hitta sätt att belöna de som redovisar under kursens gång.