Kursanalys, DD2397 Tillämpad Bioinformatik, HT07

Kursdata

Kurs	DD2397 Tillämpad Bioinformatik, 7,5hp, period 1, ht 2007.
Kursledare	Lars Arvestad
Undervisningstimmar	10 föreläsningar om 2 h, samt 10 laborationstillfällen med 2 timmars handledning.

Jag satte aldrig ihop en enkät, men har pratat mycket med de flesta kursdeltagare.

Prestationer

22 studenter anmälde sig till kursen, varav sju kom från mastersprogrammet i bioteknik och 13 var doktorander från Bioteknik. De sju mastersstudenterna förblev aktiva och är nu godkända. Nio doktorander förblev aktiva, men endast fyra har redovisat alla uppgifter.

Eftersom det är grundutbildningen som räknas finner jag att prestationsgraden var 100 %, så här vid period 4 räknat.

Kursmål

Kursen ska introducera scriptprogrammering för Bioinformatik, tillsammans med en introduktion av relationsdatabaser och webbprogrammering.

Det var första gången som kursen gavs.

Sammanfattning

Kursen lider av kraftiga barnsjukdomar kräver omfattande åtgärder! Kunskaperna hos deltagarna låg inte alls på den nivå som jag hade väntat mig, inte heller bland doktoranderna som mestadels hade KTH-bakgrund. Det krävdes mycket arbete, både från mig och deltagarna för att kursen skulle kunna avslutas.

Kursinnehållet bör minskas och särskilt webbpubliceringsdelen bör tas bort.

Laborationer och projektuppgifter måste ses över.

En ordentlig kursbok krävs.

Undervisningen

Föreläsningar

Föreläsningarna hölls i traditionellt snitt med diskussion och exempel på svarta tavlan. Studenterna engagerades i diskussionen. Inga datorpresentationer användes, både av tidsskäl och för att jag skulle kunna arbeta flexibelt och känna mig fram efter studenternas behov. Det var ett bra beslut eftersom jag snart upptäckte att de flesta, inklusive flera doktorander, inte hade ens elementära programmeringskunskaper.

Kurslitteratur

Ingen kursbok användes. De flesta har gått DD2396 och i de två kursböcker som har använts där på senare år finns det kapitel om programmering i Perl (som användes som programmeringsspråk i år). Dessutom använder vi material om BioPerl, SQL, HTML och CGI som jag letade fram på Internet.

Det var problematiskt att det inte fanns nån riktig kursbok och detta bör åtgärdas till nästa år.

Laborationerna

Eftersom förkunskaperna var så svaga i klassen blev det svårt för mig att hinna med att stödja alla. Vi la in ett flertal extratillfällen och det kom många frågor via mejl.

De första uppgifterna var på en lagom, kanske något svår, nivå. Från och med laboration 2, där jag höjde svårigheten, blev det dock mycket värre. Det var bara ett par personer som fullföljde så pass att de gjorde laboration 4. Jag beslutade att den fick utgå. Andra delen av laboration 3 fick ersätta projektuppgiften.

En viktig lärdom var också att nogrant definiera indata och utdata och ge ordentligt med exempel. Det var många diskussioner fram och tillbaka om hur ett program bör fungera. Min ambition var att de skulle ta till sig standarder för hur program ska skrivas generellt, och till exempel inte bara läsa från ett enda givet filnamn, men det var få som förstod vilka underförstådda krav som fanns.

Relationsdatabasuppgifterna fungerade relativt bra och behöver bara mindre justeringar.

Det fanns inte mycket tid att gå igenom webprogrammering. Jag tänkte mig att de skulle sätta ihop en enkel HTML-sida och dessutom skriva ett mycket enkelt CGI-program i laborationen, och sedan använda CGI som gränssnitt till ett program som använder en databas i bakgrunden i det avslutande projektet. Tyvärr var det nästan inte någon som var mogen att skriva ett CGI-program och det står nu klart för mig att man inte kan ge en "enkel introduktion" till webprogrammering på två föreläsningar.

Examination

Kursen hade inte någon tentamen, utan det var laborationer och en projektuppgift som krävdes. Den senare fick alltså utgå eftersom mina labuppgifter tydligen var mer än tillräckligt för att hålla dem sysselsatta.

Kursens belastning

Jag vet att studenterna jobbade mycket och hårt långt in i period 2, men jag har inga siffror på hur mycket tid de lade ner. De flesta redovisningar gjordes i januari.

Inför nästa år

Nödvändiga åtgärder

Följande åtgärder är nödvändiga inför nästa kursomgång.

Skaffa en kursbok och låt den, kanske tillsammans med ett kompendium om relationsdatabaser, definiera kursen.
Laborationsuppgifterna ska vara mindre, mer väldefinierade med tydliga specifikationer för indata, utdata och användande.
Det avslutande projektet får bli deras första "större" program (mer än en skärmsida) och representera steget till "riktig" programmering.
Webpublicering bör utgå från kursen. Relationsdatabasavsnittet får ligga kvar.

Övriga utmaningar

Då kursen kommer att vara en del av det nya mastersprogrammet i beräknings- och system-biologi kommer blandningen av studenter att vara intressant! Jag måste se till att det finns intressanta bioinformatik-relaterade uppgifter och utmaningar för studenter som redan har programmerat, samtidigt som jag håller kursen på en nivå som passar studenter med bioteknikbakgrund och ingen programmering alls.

Lars Arvestad

Last modified: Fri May 30 15:27:44 CEST 2008