Läsperiod 1, 2007
Erik Fransén, kursledare, föreläsare
Jeanette Hellgren Kotaleski, föreläsare, assistent
12x2 föreläsningstimmar, 3x4 laborationstimmar (eget labbande)
1 st, 0 kvinnor(K), 1 män(M).
C.P. Fall, E.S Marland, J.M. Wagner, J.J. Tyson (ed): Computational cell biology, Springer-Verlag, ISBN 0-387-95369-8.
Kursbunt:
Bower, J. M. and Beeman D.: The book of GENESIS, Internet edition.
Petersen, Basic Biophysics and cellular modeling, class notes.
samt flera mindre kompendier och artiklar.
TEN2 (3 p), LAB1 (1 p)
Examinationsgrad: per 2007-11-14 har 0/1 studenter
klarat hela kursen (0%).
Prestationsgraden är = 25%.
LAB1: 100% klara, 0%K, 100%M
TEN2: 0% klara, 0%K, 0%M
Efter kursen ska studenten kunna
förklara användningen av och antaganden bakom biofysikaliska och biokemiska modeller och metodiker
beräkna grundläggande biofysikaliska och biokemiska storheter inom stökiometri, jonstatik, jondynamik, diffusion och cellkompartments
exemplifiera användandet av kontinuerliga, stokastiska eller boolska modeller
använda och vidareutveckla simuleringsprogramvara för genetiska och biokemiska nätverk
för att studenten
ska kunna förklara användningen av och antaganden bakom biologiska modeller
i yrkeslivet ska kunna utföra biologiskt modellerings och simuleringsarbete
På anmodan från ett par studenter tillfrågades studenterna om engelska kunde användas som undervisningsspråk. Studenterna samtyckte. Studenterna fick själva välja om de ville tala svenska eller engelska, tex vid frågor. Av de få som besvarade enkäten framgår att det verkar fungerat tillfredsställande.
Kursen samläser till stor del med DD2435 Neuronnäts- och biomodellering. Den föreläsning som förut getts separat till DD2435 om diffusion, speciellt av kalcium var populär även i denna kurs och lades samman med denna kurs föreläsning behandlande Reverse engineering av biokemiska nätverk.
Med det nya betygssystemet i Bologna, med graderingen A-F, har följande beaktats då uppgifterna sammanställdes. Varje uppgift täcker en del av intervallet A-F (t. ex. B+C eller C+D+E), och uppgifternas nivå varierar så att hela intervallet A-F täcks. Enkelt kan man säga att nivån för E karakteriseras av att kunna känna igen och ge exempel på faktakunskaper. Nivå D karakteriseras av att kunna förklara verbalt eller beräkningsmässigt enkla samband och fakta. Nivå C karakteriseras av att kunna tillämpa kunskap eller beräkna något sammansatta samband. Nivå B karakteriseras av att kunna analysera uppgifter och lösa sammansatta problem. Nivå A karakteriseras av att kunna jämföra, värdera och utföra syntes av flera källor eller problemställningar.
I och med det nya betygssystemet provades en ny form av tentamen. Tentamen bestod av två delar. Tanken var att detta år utvärdera möjligheten att, enligt förslag från Kristina Edström på KTH Learning lab, använda första delen för att avgöra om andra delen skulle rättas. Den första delen bestod av frågor som besvarades antingen med en eller flera numeriska siffror motsvarande en eller flera givna svarsalternativ, eller med rätt/fel som kommentar till ett givet påstående. Denna del av tentamen kan enligt förslaget endast ge betyg E (dvs godkänd, del 2 rättas) eller betyg F (dvs ej godkänd, del 2 rättas inte). Den andra delen bestod, liksom tidigare år, av räkneuppgifter och essäfrågor som poängsattes. Betyg på tentamen och därmed på kursen var tänkt att ges av poängen på del 2 (betyg A-E) eller betyg E, F från del 1. För att utvärdera detta rättades alla delar i år. Korrelationen mellan poäng på de två delarna var god, r=0.67, men enstaka avvikelser fanns. Det visade sig att följande princip fick användas. Studenter som fick godkänt på del 1 men inte uppnådde tillräckliga resultat på del 2 fick betyg FX med komplettering av del 2. Studenter som fick tillräckligt resultat på del 2 men inte fick godkänt på del 1 fick betyg FX med komplettering av del 1. Antalet betyg FX var litet, 3 av 20 tentander.
Tanken med denna form av tentamen är att rättning av del 1 är mycket snabb, vilket bekräftas. Dock fann jag att konstruktionen av frågorna var tidsödande. Eftersom studentens svar inte innehåller någon som helst information om studentens arbetsväg eller tankar kring svaret kan man ur svaret inte utläsa hur nära det rätta svaret studenten varit om svaret är fel. Därför vet man heller inte om de uppfattat frågan rätt, om de tänkt rätt, om ett slarvfel uppstått etc, och frågan måste därför formuleras noga. Antalet frågor på dessa uppgifter under tentamen var trots ansträngningarna ganska stort, vilket stärker intrycket av svårigheten att besvara denna typ av frågor. Om antalet studenter på kursen är stort kan detta trots allt löna sig tidsmässigt i och med att del 1 är mycket snabbrättad och färre tidskrävande del 2-tentor behöver rättas. Men med en gruppstorlek runt 20 studenter typiskt för denna kurs lönar det sig inte tidsmässigt. Tentan kommer nästa år att ha endast en del, motsvarande del 2 i år. Eventuellt kan ett mindre antal ”rätt/fel”-frågor inkluderas för att testa kunskaper motsvarande betyg E.
Sammanfattningvis en ganska rolig och givande kurs att ge och att läsa (att döma av studentresponsen).
Kursmaterialet innehöll i år en kursbunt med ett antal avsnitt ur böcker tillgängliga på nätet (gratis) samt ett par kompendier och artiklar. Detta gjorde att kostnaden för kursen minskades vilket varit ett önskemål från tidigare år. Projektuppgiften var uppskattad.
Antalet studenter som följt kursen färre än förra året, 1 person. Därmed kan inga slutsater om prestationer eller kommentarer göras på denna kurs. Eftersom ett stort överlapp finns med kursen DD2435 kan viss allmänn information hämtas från kursanalysen av den kursen. Kursenkäten (tillsammans med DD2435) omfattar endast 4 svar, så det är svårt att dra några generella slutsatser. Nästan alla svar ger medelbetyg eller något över medelbetyg och det finns nästan inga betyg "dåligt".
Undervisningen består i huvudsak av föreläsningar. Kursinnehållet och kursbunten/kursboken är tämligen omfattande men uppfattas som lagom omfattande. Föreläsningarna har uppfattats som givande. Laborationerna har fungerat bra och inga speciella klagomål har framförts.
Examinationen består av muntlig redovisning av 3 laborationer samt skriftlig tentamen. Tentamen är dels några uppgifter där mera formella kunskaper genom beräkningar testas och några uppgifter av berättarkaraktär. Det senare är rimligt med hänsyn till hur kursen ser ut och ger dessutom en möjlighet för studenten att visa färdighet att integrera kunskap.
Kursboken (Fall et al.) är unik i sitt slag. Det är för få hittills som köpt den för att vi ska kunna säga något om studentens syn på den.
Kursbunten innehöll kapitel ur ffa Bower&Beeman samt Petersen (båda är upplagda i sin helhet för den intresserade) samt ett par kompendier. Det fanns även en litteraturlista med läsanvisning inför varje föreläsning.
Läsanvisningarna tycks nu fungera bra.
Utfördes elektroniskt med hjälp av ACE efter tentan. 4/14 har svarat. Av detta framgår att:
- kursen upplevs som meningsfull, intressant och lagom svår.
- pedagogiken och nivån på föreläsningarna är bra/acceptabelt.
- egna projekten och redovisning av dem var ett trevligt och givande inslag
Av kommentarerna bedöms belastningen vara rimlig.
Studenterna angav att de hade tillräckliga kunskaper.
Kursens innehåll följde vad som planerats.
En länk till denna kursanalys har lagts in på kurshemsidan. Studentenkäten finns att läsa här.